1、严重的瘙痒感
当患上肛瘘时会出现明显的瘙痒感，这主要是由于脓液的刺激，患者的肛区皮肤会有瘙痒感以及湿疹样改变。
2、疼痛
如果肛瘘患者的瘘管并没有任何炎症，那么则不会出现明显的疼痛感，只有局部的不适以及发胀感而已。在行走的时候才会出现肿胀感和疼痛感，这是因为肛瘘受到了感染，脓液无法顺利排出，导致发炎引发的，此时患者的患病部位以及直肠则会出现明显的疼痛感和灼热感，同时还会伴随排便困难的情况。
3、分泌物明显增多
一旦患上了肛瘘肛门会出现大量的分泌物，尤其是对于比较大的高位肛瘘患者来说，瘘管直接位于括约肌外面，是不会受到括约肌的控制着，所以不能够有效的控制分泌物的排出，在肛门部位会常常有其他气体以及粪便的排出。
4、肿块
大部分的肛瘘患者在肛门周围会触摸到明显的条状硬块，这属于明显的症状，使用手轻轻按一下会有明显的疼痛感。
5、流脓
这可以说是肛瘘的主要症状，至于脓液的多少，这和瘘管的长短、多少有关，新形成的瘘管流脓一般较多，肛瘘一般有内口和外口，外口堵塞或假性愈合时，瘘管内会使脓液积存，引起局部肿胀疼痛，有些患者会有发热的症状，瘘口破溃流出时，症状会得到暂时的缓解。其中瘘管位于括约肌外的肛瘘是高位肛瘘，这一类肛瘘患者有可能会有粪便及气体排出。