肛窦炎的症状有肛门部不适、疼痛，肛周潮湿瘙痒、有分泌物。常见症状有:
1肛门部不适:患者自觉肛门部不适，多有排便不尽感、肛内异物感和下坠感，严重者可出现里急后重感。
2疼痛:患者可有肛门疼痛感，排便时疼痛可加重，但一般不剧烈，数分钟可消失。如果括约肌受炎症刺激而挛缩，则疼痛会加剧，可出现短时间阵发性刺痛，或者疼痛持续数小时，严重者可波及臀部及股后侧。
3潮湿瘙痒有分泌物:肛窦、肛门瓣的炎症导致分泌物增加，或者周围组织炎性水肿所产生的肛门闭锁不全性渗出，会导致肛门潮湿瘙痒。急性肛窦炎患者多伴有便秘，粪便常带有少许黏液，该黏液在粪便前流出，有时可混有血丝;若并发肛乳头肥大，且肛乳头从肛门脱出时，可加重肛门的潮湿瘙痒。